Siempre que se desmonte la culata y se extraiga los tornillos, hay que cambiarlos por el estiramiento que sufren. Y a la hora de ponerlos mirar en el manual de reparación el par de apriete como dice el compañero.
Cuando hagas estas reparaciones, pienso que deberias de cambiar el modo de conducción de tu motor de gasoil, me imagino que será el D4D de toyota. La ciudad es el mayor enemigo de estos motores por la carbonilla que generan, por eso de vez en cuando salir a carretera, no hay que correr, con bajar 1 o 2 marchas y llevarlo revolucionado bastará, sobre las 3000 y 4000rpm. Eso es prolongar la vida de tu motor. Antes de hacer esto mirale el nivel del aceite y del agua.
Y si solamente vas por ciudad no bajarlo de 2000 rpm para que se mantenga la admisión y todos los sistemas de anticontaminacion limpios y haya un buen flujo de gases.

Esto mismo que te he contado se lo hacía a mi peugeot 307 hdi desde la primera reparación que tuvo del FAP y nunca más dio problemas de este tipo.