Hombre, si se te rompe una cerradura, o tienes un problema con el cable de la batería que pasa por el suelo, lo mismo les da por darte la lata si ven que hay una manipulación reciente en la zona.
Pero es poco probable que pase nada. Y si pasa es poco probable que el concesionario se ponga cabezota. Y si se pone cabezota siempre se puede peritar (establecimientos adheridos a arbitraje de consumo es gratis si no recuerdo mal), reparar por tu cuenta y luego al juzgado.
Yo lo haría sin miedo a que te deje de cubrir la garantía. De hecho llevo un par de pequeñas modificaciones en el cableado (tema eléctrico es bastante más subjetivo, una afecta a la DCU...) y voy bastante tranquilo al respecto.