Compi, todos los motores tienen esas inercias, sobre todo cuantos menos cilindros lleven. Los silentblocks están en gran parte por eso. Luego hay ejes contrarrotantes, volantes de inercia, distribución variable que también se usa para eso y mil historias más que pueden o no llevar los coches en función de muchas variables.
Si hubiera una pieza con holgura dentro del motor no creo que el sonido fuera muy agradable.
No es un motor fino como un v8 de una berlina de representación y no va anclado como si lo fuera, tampoco lo pretende. Pero no es lo mismo que tiemble a medio régimen mantenido en vacío (algo normal) a que tengas vibraciones importantes en un momento en que el motor está trabajando con carga. Lo segundo puede ser por muchísimas cosas, hasta por un palier o amortiguador (ojo que las homocinéticas suelen transmitir más vibraciones de las que parece, de hecho por eso suelen llevar las transmisiones un mazacote gordo atornillado, es un contrapeso para reducir vibraciones, no sé si el nuestro lo llevará o no, la verdad, no lo he mirado).
Es posible que un cambio de bujías lo mejore, yo estoy notando el motor más tosco a medida que se acerca el mantenimiento de los 90.000km, sin ser algo preocupante pero se nota. Le meteré un buen limpiador de inyectores si hay cambio de filtro de gasolina en ese mantenimiento (lo tengo que mirar, no sé qué toca aparte de bujías y lo habitual), unos cuantos cientos de km antes, y haré unos cuantos km dándole zapatilla para ver si mejora.
Si tuviera vuestro problema es algo que probaría, limpiador de inyectores y, si no mejora, cambio de bujías por otras diferentes sin que se entere el concesionario. Aunque es dar palos de ciego.